nrStar™ncRNA PCR芯片-康成生物丨数谱生物
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              2. nrStar™ ncRNA PCR芯片

                • tRNA Repertoire PCR芯片6282018.cc威尼斯网址
                • tRF&tiRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址
                • Functional LncRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址
                • snoRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址
                •        转运RNA (tRNA) 是生物体内分布最广泛、含量最丰富的非编码小RNA分子。它携带并转运氨基酸,参与蛋白翻译,是连接mRNA与蛋白质的重要桥梁。细胞增殖、分化和凋亡等一系列生物学过程都伴随着tRNA水平的变化。反之,tRNA表达谱的改变也会影响细胞发育过程中的命运抉择。表达失调的tRNA可以促进肿瘤的发生和癌症进程。另外,许多其它疾病比如II型糖尿病、亨廷顿症以及HIV感染都出现了tRNA表达与分布紊乱。tRNA研究已逐渐成为生物学过程和疾病研究的重要组成部分。

                         美国Arraystar公司是非编码RNA研究最优秀的产品6282018.cc威尼斯网址提供商。Arraystar nrStarTM tRNA PCR Arrays(H/M)可分别检测185个人或小鼠的tRNA,覆盖了GtRNAdb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors (运载相同氨基酸但反密码子不同的tRNA互称为isoaccepetor),提供isoacceptor和isodecoder(反密码子相同但躯干序列不同的tRNA之间互称为isodecoder)两种层面上的表达检测。 
                          tRNA存在种类繁多的修饰,对其发挥功能十分关键。然而,这些修饰尤其是甲基化修饰会严重阻碍反转录的进行,导致cDNA合成终止或碱基错配。为此,Arraystar专门开发了针对tRNA的反转录试剂盒 (rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit)。该试剂盒采用了一种高效的RNA去甲基化酶,能够有效地去除tRNA上的甲基化修饰,极大地提高cDNA合成质量。与此试剂盒组合使用,研究人员能够获得更为真实可靠的tRNA表达变化,为研究蛋白质组或tRNA来源片段(tRFs)提供重要信息。


                  nrStar™ tRNA PCR 芯片产品列表

                  6282018.cc威尼斯网址 芯片 规格 描述
                  nrStar™ Human tRNA PCR芯片技术6282018.cc威尼斯网址 nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR芯片V2.0 384-well (2*192) / plate 可检测185个人tRNA,覆盖了GtRNAdb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors,提供isoacceptor和isodecoder两种层面上的表达检测。
                  nrStar™ Mouse tRNA  PCR芯片技术6282018.cc威尼斯网址 nrStar™ Mouse tRNA PCR芯片


                  384-well (2*192) / plate 可检测185个小鼠的tRNA,覆盖了GtRNAdb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors,提供isoacceptor和isodecoder两种层面上的表达检测。

                  芯片特点
                  ● 囊括GtRNAdb和tRNAdb数据库中所有的细胞核与线粒体反密码子
                  ● 伴随的去甲基化处理使得检测结果更加真实可靠
                  ● 所有引物均在多种细胞和组织中通过验证
                  ● 即拆即用型384孔板,几小时内便可得到结果


                  tRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址流程

                  1. RNA抽提与质量检测
                         进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果可见6282018.cc威尼斯网址报告。
                  2. 去甲基化处理与cDNA合成
                         每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-004, Arraystar) 试剂盒进行去甲基化处理和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
                  3. Real-time PCR扩增
                         将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
                  4. 熔解曲线分析与原始数据导出
                         PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。


                  tRNA PCR芯片数据分析流程

                  1. PCR芯片数据质控
                         质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar6282018.cc威尼斯网址报告。
                  2. 数据校正与△Ct值计算
                         板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
                         内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
                  3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
                         使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
                  4. P值计算
                         对样本组进行t检验,计算P值。
                  5. 其他常规数据分析
                         散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调tRNA柱形图分析
                  6. 提供6282018.cc威尼斯网址报告与数据分析结果
                         a. Arraystar6282018.cc威尼斯网址报告(包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤)
                         b. Excel芯片结果汇总表(包括tRNA列表,数据分析结果和各类图表)
                         c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)


                  tRNA PCR芯片部分分析结果展示

                  1. 差异表达tRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>1.5;P<0.05,客户可指定筛选参数值)


                  2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为1.5)

                     


                  3. 火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为1.5;蓝色水平线代表P值为0.05)

                       


                  4. TOP20表达上调tRNA柱状图

                     


                  5. TOP20表达下调tRNA柱状图

                    

                •        作为一种新型的tRNA来源的非编码小RNA,tRF& tiRNA由精确调控的生物发生过程所产生,参与行使多种生物学功能: 作为microRNA参与RNA干扰;调节靶向mRNA的稳定性;在细胞应激条件下促进应激颗粒(SG)的组装;调控细胞凋亡;作为表观遗传因子在世代间传递。tRFs& tiRNA的组成和含量高度依赖于细胞类型,并且与多种病理状态密切相关。它们在生物体液中广泛存在,含量远超microRNA,使之有望成为极佳的分子标志物。

                         Arraystar公司最新发布的 nrStar™ Human tRF & tiRNA PCR Array包含了185类来自权威数据库收录和最新文献报道的tRF或tiRNA,方便客户对tRF & tiRNA进行简单快捷地表达谱分析。


                  nrStar™ tRF&tiRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址列表

                  6282018.cc威尼斯网址 芯片 规格 描述
                  nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR芯片技术6282018.cc威尼斯网址 nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR芯片 384-well (2*192) plate 包含了185类来自权威数据库收录和最新文献报道的tRF或tiRNA
                  nrStarTM Mouse tRF PCR芯片技术6282018.cc威尼斯网址 nrStarTM Mouse tRF PCR芯片 384-well (4*96) / plate 检测从tRFdb数据库中挑选的88个最常见的小鼠tRFs

                  芯片特点


                  • 前沿-关注近些年火热的tRF&tiRNA研究

                  • 聚焦-检测最具生物学潜能的tRF&tiRNA

                  • 精确检测-所有引物都经过精心设计、优化和验证

                  • 简单便捷-标准的qPCR板设计,直接使用,无需预扩增



                  tRF&tiRNA PCR芯片实验流程

                  1. RNA抽提与质量检测
                         进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见6282018.cc威尼斯网址报告。
                  2. 双端接头连接与cDNA合成
                         每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (Cat# AS-FS-003, Arraystar) 试剂盒进行接头连接和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
                  3. Real-time PCR扩增
                         将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
                  4. 熔解曲线分析与原始数据导出
                         PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。


                  tRF&tiRNA PCR芯片数据分析流程

                  1. PCR芯片数据质控
                         质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar6282018.cc威尼斯网址报告。
                  2. 数据校正与△Ct值计算
                         板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
                         内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
                  3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
                         使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
                  4. P值计算
                         对样本组进行t检验,计算P值。
                  5. 其他常规数据分析
                         散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调tRF&tiRNA柱形图分析
                  6. 提供6282018.cc威尼斯网址报告与数据分析结果
                         a. Arraystar6282018.cc威尼斯网址报告(包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤)
                         b. Excel芯片结果汇总表(包括tRF&tiRNA列表,数据分析结果和各类图表)
                         c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)


                  tRF&tiRNA PCR芯片部分数据分析结果展示
                  1. 差异表达tRF & tiRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)


                  2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为2)  

                          


                  3. 火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)

                       


                  4. TOP20表达上调tRF & tiRNA柱状图

                    


                  5. TOP20表达下调tRF & tiRNA柱状图

                    
                •        Arraystar 最新的nrStarTM Functional LncRNA PCR芯片(H/M)可分别检测372个和185个已报道的与人或小鼠生物学功能或疾病相关的金标准lncRNA,为研究人员探索LncRNA功能及其生物标志物潜力提供了一个简单、准确和数据丰富的解决方案。这些lncRNA精心挑选于科学文献和最新数据库。与大部分功能未知、序列残缺的lncRNA相比,产品中的lncRNA特征明确、信息完善。Arraystar为这些lncRNA提供了详细的注释信息,包括生物学功能(干细胞分化、胚胎发育、心血管发育、造血系统与免疫、内分泌系统……)和作用机制(基因表达调控、表观遗传、基因组印记、染色体修饰……)等。lncRNA表达失调还与和神经退行性疾病、心血管疾病、糖尿病和癌症等病理特征紧密相关。另外,LncRNA在表达分布和组织/疾病特异性上高于mRNA,已有不少已知或未知功能的lncRNA被认为具有分子标志物潜能。比如,PCA3已通过FDA认证,应用于前列腺癌的临床诊断。
                         Arraystar功能性lncRNA PCR芯片不仅含有最佳的内容,而且具有最优的技术表现。通过靶向特定的外显子或可变剪接位点,每对lncRNA引物可以检测到特定的转录本,从而区分同一lncRNA基因的不同转录本亚型。“机智”的cDNA合成策略保证了从完整或降解的RNA样本检测多聚腺苷酸尾和非多聚腺苷酸尾lncRNA的有效性。严格的外参、内参设置以及可信度高的均一化策略,保证了高质量的qPCR结果及其精确定量,可充分满足临床诊断应用或分子标志物鉴定所需。

                  nrStar™ Functional LncRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址列表

                  6282018.cc威尼斯网址 芯片 规格 描述
                  nrStar™ Human Functional LncRNA芯片技术6282018.cc威尼斯网址 nrStar™ Human Functional LncRNA PCR芯片 384-well plate 同时检测372个功能已知或疾病相关的金标准lncRNA
                  nrStar™ Mouse Functional LncRNA芯片技术6282018.cc威尼斯网址 nrStar™ Mouse Functional LncRNA PCR芯片 384-well (2*192) / plate 包含185个与小鼠生物学功能和疾病紧密关联的已知功能lncRNA转录本


                   芯片特点
                   • 全面收集已知的与生物学功能或疾病明确相关的LncRNA

                  • 功能性LncRNA和疾病相关lncRNA都经过详细分类、注释和交叉引用

                  • 所有引物均经过多种样品类型的验证,充分满足生物标记物鉴定的需要。

                  • 转录本特异性PCR引物可以明确且准确地检测每个LncRNA异构体。



                  Functional LncRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址实验流程

                  1. RNA抽提与质量检测
                         进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见6282018.cc威尼斯网址报告。
                  2. cDNA合成
                         每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒进合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
                  3. Real-time PCR扩增
                         将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
                  4. 熔解曲线分析与原始数据导出
                         PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。  


                  Functional LncRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址数据分析流程
                  1. PCR芯片数据质控
                         质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar6282018.cc威尼斯网址报告。
                  2. 数据校正与△Ct值计算
                         板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
                         内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
                  3. 差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
                         使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
                  4. P值计算
                         对样本组进行t检验,计算P值。
                  5. 其他常规数据分析
                         散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调LncRNA柱形图分析
                  6. 提供6282018.cc威尼斯网址报告与数据分析结果
                         a. Arraystar6282018.cc威尼斯网址报告(包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤)
                         b. Excel芯片结果汇总表(包括tRNA列表,数据分析结果和各类图表)
                         c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)


                  Functional LncRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址部分数据分析结果展示
                  1. 差异表达LncRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)



                  2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为2)差异表达



                  3. 火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)



                  4. TOP20表达上调LncRNA柱状图

                  5. TOP20表达下调LncRNA柱状图

                •        近年来,snoRNA已成为疾病领域特别是癌症领域的研究热点。snoRNA在血液、痰液以及尿液中稳定存在,是高潜能的疾病诊断分子标志物。Arraystar公司最新推出的nrStar™ Human snoRNA PCR Array,包含了359条从权威数据库SnoPY 与 snoRNA-LBME-db精心挑选的snoRNA,是目前市场上snoRNA覆盖度最高的PCR芯片,是进行snoRNA表达检测与功能研究必不可少的工具。

                         核仁小RNA (snoRNA) 是一类中等长度的非编码小RNA分子,其长度60-300 nt不等,是snoRNPs复合物的主要成员之一[1]。在snoRNP复合物中,snoRNA通过碱基互补原理识别rRNA上的特定位点,引导复合物对这些位点进行2'-O甲基化和假尿嘧啶化修饰。在脊椎动物中,核仁小RNA的编码基因主要位于蛋白编码基因的内含子区,其转录产物经转录后加工形成成熟的核仁小RNA[2]。snoRNA参与多种生物学过程,包括rRNA的加工处理,RNA剪接和翻译,以及对氧化应激反应的调控[3]。根据snoRNA结构与功能的不同,可将snoRNA分为两大类:负责2'-O甲基化的box C/D snoRNA和负责假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA[1]。另外,还存在一类比较特殊的snoRNA— scaRNAs。scaRNAs特异表达于细胞核的Cajal小体,具有类似的C/ D box或H/ ACA box结构[4]。snoRNA还产生类似miRNA的短片段非编码RNA,可与AGO蛋白结合并识别靶向mRNA序列,调控其翻译过程[5]。
                         多项研究表明,snoRNA在肿瘤中异常表达,并在肿瘤转移过程中扮演着重要角色。有些snoRNA可作为肿瘤促进剂或抑制剂发挥功能[6-7]。例如,SNORD50A/B具有结合K-Ras并抑制其活性的功能,常在癌症中发生缺失突变[8];SNORD44 (RNU44) 和SNORD43 (RNU43) 与乳腺癌的不良预后有关[9];SNORA80E (SNORA42) 在肺癌中作为癌基因存在,抑制SNORA42的表达能够产生明显的抗癌作用[10]。C/D Box 类snoRNAs在癌症中普遍高表达[11]。此外,snoRNA在神经退行性疾病的发生发展过程也发挥着关键作用。


                  nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array6282018.cc威尼斯网址列表

                  6282018.cc威尼斯网址名称 芯片 规格 描述
                  nrStar™ Human snoRNA PCR Array Service nrStar™ Human snoRNA PCR Array 384-well plate 359条snoRNA,7条snoRNA靶向snRNA和 4条snoRNPs复合物成员mRNA


                  芯片特点
                  •最佳覆盖范围—同一块384孔板上覆盖了snoRNA,snoRNA靶向snRNA以及snoRNP复合物成员,是目前市场上覆盖度最高的PCR芯片
                  •无与伦比的灵敏度–只需50 ng总RNA,无需扩增
                  •稳定有效的PCR引物– 所有引物均在不同的细胞组织样本中通过严格验证
                  •简单快速–无需扩增,只需将反转好的cDNA与SYBR® Green master mix混合加入到板中,然后运行qPCR, 4小时内即能得到实验结果
                  •疾病分子标志物筛选–高覆盖度、灵敏度、准确率以及高通量使其成为疾病分子标志物筛选与验证的首选


                  PCR芯片所包含的snoRNA列表
                  SnoPY :
                  snoRNA-LBME-db:/

                  C/D BOX(213)
                  SNORD4A; SNORD5; SNORD6; SNORD7; SNORD8; SNORD9; SNORD10; SNORD119; SNORD121A;SNORD121B;SNORD123;SNORD124;SNORD126;SNORD127;
                  SNORD1A;SNORD1B;SNORD1C;SNORD2;SNORD101;SNORD102;SNORD103;
                  SNORD103B;SNORD104;SNORD105;SNORD105B;SNORD12C;SNORD13;
                  SNORD14A;SNORD14B;SNORD15A;SNORD15B;SNORD16;SNORD18A;
                  SNORD18B;SNORD18C;SNORD20;SNORD21;SNORD22;SNORD24;
                  SNORD25;SNORD26;SNORD27;SNORD28;SNORD3;SNORD30;SNORD31;
                  SNORD32A;SNORD32B;SNORD33;SNORD34;SNORD35A;SNORD35B;
                  SNORD36A;SNORD36B;SNORD36C;SNORD37;SNORD38A;SNORD38B;
                  SNORD41;SNORD42A;SNORD42B;SNORD43;SNORD4B;U97;SNORD96B;
                  SNORD96A;SNORD95;SNORD94;SNORD86;SNORD84;SNORD83B;
                  SNORD83A;SNORD117;SNORD82;SNORD81;SNORD80;SNORD118;
                  SNORD78;SNORD77;SNORD76;SNORD75;SNORD73a;SNORD63;SNORD62B;
                  SNORD61;SNORD60; SNORD59B; SNORD59A; SNORD58B; SNORD58C; SNORD57;SNORD56;SNORD55;SNORD54;SNORD53;SNORD52;SNORD51;
                  SNORD50; SORD50B; SNORD48; SNORD47; SNORD46; SNORD45A; SNORD45B; SNORD45C; SNORD44;SNORD12;SNORD12B;SNORD112;SNORD113-1;SNORD114-1;SNORD17; SNORD19; SNORD19B; SNORD23; SNORD65; SNORD66; SNORD67; SNORD88A/B/C; SNORD68;SNORD69;SNORD70;SNORD71;SNORD72;SNORD85;SNORD87;
                  SNORD90; SNORD91A; SNORD91B; SNORD92; SNORD93; SNORD98; SNORD99; SNORD100; SNORD109A/B; SNORD115-1; SNORD110; SNORD111; SNORD111B; SNORD116-1; SNORD11;SNORD11B;SNORD12;SNORD12B;SNORD113-2;SNORD113-4;SNORD113-5; SNORD113-6; SNORD113-7; SNORD113-8; SNORD113-9/ SNORD113-3; SNORD114-10/18; SNORD114-11; SNORD114-12/14; SNORD114-13; SNORD114-15/3/5/21/23/25/26; SNORD114-17/4; SNORD114-19; SNORD114-2; SNORD114-20/21/22/28; SNORD114-24; SNORD114-29/30; SNORD114-31; SNORD114-6/9; SNORD114-7; SNORD115-11; SNORD115-12; SNORD115-17/18/23; SNORD115-27/29/30;SNORD115-28; SNORD115-36; SNORD115-37; SNORD115-48; SNORD116-11; SNORD116-12/16/17/18/21/22/24; SNORD116-13/14/15/20; SNORD116-19; SNORD116-23;SNORD116-25/26; SNORD116-27/29/30; SNORD116-28; SNORD116-5; SNORD116-6; SNORD116-9; SNORD79; SNORD58A; SNORD49A; SNORD49B; SNORD45BL2;SNORD42BL1;SNORD3@L39;SNORD3@L19;SNORD118L14;
                  SNORD3L3;SNORD118L11;SNORD68L1;SNORD118L9;SNORD3@L37;
                  SNORD74L5;SNORD45BL1; SNORD65L2; SNORD23; SNORD38BL3; SNORD44L1; SNORD74L4; SNORD45BL3; SNORD56L7; SNORD77L3; SNORD41L1; SNORA25L14; SNORD75L2; SNORD114-15L1; U3.41-201; SNORD53L1; SNORD55L1; SNORD62BL1; SNORD51L1
                   
                  H/ACA BOX(122)
                  SNORA10; SNORA13; SNORA14A; SNORA14B; SNORA15; SNORA16; SNORA17; SNORA18; SNORA19; SNORA21; SNORA22; SNORA23; SNORA24; SNORA25;
                   SNORA28; SNORA3; SNORA2B; SNORA45; SNORA30; SNORA31; SNORA33;
                   SNORA34; SNORA36; SNORA36B; SNORA37; SNORA38; SNORA39; SNORA4;
                  SNORA41; SNORA42; SNORA43; SNORA44; SNORA46; SNORA48; SNORA49;
                  SNORA5A; SNORA50; SNORA51; SNORA52; SNORA53; SNORA54; SNORA55;
                  SNORA56; SNORA58; SNORA59; SNORA5B; SNORA5C; SNORA6; SNORA60;
                   SNORA61; SNORA77; SNORA80; SNORA80B; SNORA7A; SNORA8; SNORA9;
                  SNORA62; SNORA63; SNORA47; SNORA35; SNORA26; SNORA11B; SNORA11D; SNORA11E; SNORA36C; SNORA38B; SNORA84; SNORA11; SNORA12; SNORA73A; SNORA73B; SNORA74A; SNORA74B; SNORA64; SNORA65; SNORA66; SNORA67; SNORA70; SNORA70B; SNORA70C; SNORA70D; SNORA70E; SNORA70F; SNORA71A; SNORA71B; SNORA72; SNORA99; SNORA71D; SNORA20; SNORA27; SNORA29; SNORA32; SNORA40; SNORA78; HBI-61; SNORA11C; SNORA68; SNORA69;
                  SNORA16B; SNORA1; SNORA72L7; SNORA64L2; SNORA18L1; SNORA62L2;
                   AL137790.4; SNORA11DL1; SNORA51L11; SNORA10L1; SNORA12L2; SNORA11EL1; SNORA70BL6; SNORA20L1; SNORA63L9; SNORA18L2; SNORA20L4; SNORA11BL2; SNORA67L1; SNORA32L2; SNORA2AL1; SNORA43L2; SNORA12L1; SNORA62L4
                   
                  Cajal body-specific scaRNAs(24)
                  SCARNA18; HTR; HBII-382; SCARNA13; SCARNA8; SCARNA17; SCARNA7; SCARNA12; SCARNA6; SCARNA5; SCARNA10; SCARNA14; mgU2-25/61; SCARNA9; mgU12-22/U4-8; HBI-100; ACA68; ACA66; SCARNA11; SCARNA16; SCARNA1; SCARNA4; SCARNA23; SCARNA22


                  snoRNA PCR芯片实验流程

                  1.RNA抽提与质量检测
                         进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见6282018.cc威尼斯网址报告。
                  2.cDNA合成
                         每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
                  3.Real-time PCR扩增
                         将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
                  4.熔解曲线分析与原始数据导出

                         PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。


                  snoRNA PCR芯片数据分析流程
                  1.PCR芯片数据质控
                         质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
                  2.数据校正与△Ct值计算
                         板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
                         内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。
                  3.差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
                         使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
                  4.P值计算
                         对样本组进行t检验,计算P值。
                  5.其他常规数据分析
                         散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调snoRNA柱形图分析
                  6.提供6282018.cc威尼斯网址报告与数据分析结果
                         a.Arraystar6282018.cc威尼斯网址报告(包括RNA样本QC和详细实验数据分析步骤)
                         b.Excel芯片结果汇总表(包括snoRNA列表,数据分析结果和各类图表)
                         c.Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)


                  Arraystar snoRNA PCR芯片6282018.cc威尼斯网址部分结果展示
                  1.差异表达snoRNA列表(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)


                  2.散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为2)


                  3.火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)


                  4.TOP20表达上调snoRNA柱状图


                  5.TOP20表达下调snoRNA柱状图

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