详尽的超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)和靶基因注释信息-康成生物丨数谱生物

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              详尽的超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)和靶基因注释信息

                    Arraystar超级增强子lncRNA (SE-lncRNA) 芯片创新性地同时收录SE-lncRNA及其靶基因,并为深入研究SE-lncRNA提供详尽参考信息。已有研究表明,SE-lncRNA在肌肉、心脏和红细胞的发育过程,以及癌症、心肌梗死等疾病中发挥重要功能。Arraystar公司为每个SE-lncRNA提供全面详尽的注释以便于交叉引用,帮助您深入了解SE-lncRNA的生物学功能。


              邻近靶基因信息

                    SE-lncRNA常通过顺式作用调控邻近基因的表达,是其最主要的作用机制之一。比如,Hand2是控制成纤维细胞向心肌细胞分化的核心转录因子之一,其表达受到邻近SE-lncRNA Uph的调节[1];从MYC上游的超级增强子区域转录出的SE-LncRNA CCAT1-L介导Myc启动子区与增强子区之间的染色体成环过程,从而调控MYC基因表达[2];转录因子MyoD基因上游的超级增强子区所转录的SE-lncRNA可招募染色体重构因子、促进RNA聚合酶II与MyoD启动子区结合[3]。Arraystar提供与SE-lncRNA基因位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的基因信息,可帮助研究人员快速找到受SE-lncRNA调控的潜在靶基因。

              图1. SE-lncRNA与其邻近基因示例。SE-lncRNA Uph与邻近基因Hand2(上)[1];SE-lncRNA CCAT1-L与邻近基因MYC(中)[2];SE-lncRNACERNA与邻近基因MyoD1(下)[3]。


              图2.SE-lncRNA参与调控邻近基因表达。MyoD是肌细胞生成过程中的一种核心转录因子,能与其它核心转录因子一起调控肌细胞分化过程中的基因表达。在肌细胞分化信号的刺激下,MyoD基因上游的超级增强子区域中的核心增强子元件(CE)可转录产生SE-lncRNA——CERNA。CERNA招募染色体重构因子,打开致密的染色体结构,使得RNA聚合酶II(RNAPII)与MyoD启动子区结合,从而促进MyoD基因的表达。不仅如此,MyoD转录因子还能进一步促进CERNA转录,形成正反馈调节[3, 4] 。


              Super-lncRNA

                    Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA,可招募调控因子至超级增强子区,从而影响染色体结构,并作为空间放大器,促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。多数Super-lncRNA都转录自超级增强子区域,因此,许多SE-lncRNA都具有super-lncRNA的功能。这些注释将为此类SE-lncRNA研究提供非常可行的探索方向。


              亚细胞定位

                    lncRNA的功能机制与其细胞中的位置密切相关,比如位于细胞核或染色体的lncRNA常参与表观遗传调控,而细胞质中的lncRNA具有调控翻译、吸附miRNA等功能。因此,SE-lncRNA的亚细胞定位信息对于推测SE-lncRNA的功能机制具有很大帮助。


              组织或细胞特异性

                    超级增强子呈现严格的组织或时序特异性,与其调控组织特异性的基因表达紧密关联。超级增强子区域的转录是其处于激活状态的显著标志之一,不仅如此,来源于超级增强子的SE-lncRNA还通过多种方式协助完成超级增强子的基因调控功能。SE-lncRNA的细胞谱系特异性可为研究其功能提供非常有效的信息。


              癌症或疾病相关SE-lncRNA

                    包含了Lnc2Cancer数据库中收录的SE-lncRNA与癌症的关联信息,以及LncRNADisease数据库中收录的SE-lncRNA与人类疾病的关联信息。


              参考文献

              1. Anderson KM et al: Transcription of the non-coding RNA upperhand controls Hand2 expression and heart development. Nature 2016, 539(7629):433-436.[PMID: 27783597]

              2. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]

              3. Mousavi K et al: eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci. Mol Cell 2013, 51(5):606-617.[PMID: 23993744]

              4. Shiekhattar R: Opening the Chromatin by eRNAs. Mol Cell 2013, 51(5):557-558.[PMID: 24034693]



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